保健按摩师证在医疗部门工作的问题，首先需要明确保健按摩师的职业定位，保健按摩师是指具有一定的按摩技能，从事按摩保健工作的人员，他们的主要工作是为顾客提供按摩服务，以缓解疲劳、舒缓肌肉紧张、促进血液循环等，保健按摩师证是证明持有人具备相应职业技能的证书。
在我国，保健按摩师证的发放主要由人力资源和社会保障部门负责，持有保健按摩师证的人员可以在非医疗机构(如酒店、健身房、SPA等)从事按摩保健工作，根据我国的相关规定，医疗部门(如医院、诊所等)是不允许雇佣没有医疗资质的人员从事医疗服务的，保健按摩师证持有者在医疗部门工作是不被允许的。
从安全性的角度来看，保健按摩师主要从事的是非医疗性的按摩服务，相较于医生、护士等医疗人员，他们的风险较低，这并不意味着保健按摩师的工作就完全没有风险，在为顾客提供按摩服务时，保健按摩师需要注意以下几点：
1、严格遵守卫生规定，保健按摩师在工作过程中，应当保持个人卫生，使用消毒过的工具，避免交叉感染，他们还应当注意保持工作环境的清洁卫生，避免细菌滋生。
2、了解顾客的身体状况，在为顾客提供按摩服务前，保健按摩师应当了解顾客的身体状况，如有特殊疾病、过敏史等，应告知顾客注意事项，避免因服务不当导致顾客身体不适。
3、合理掌握按摩力度和方法，保健按摩师在提供按摩服务时，应注意掌握适当的力度和方法，避免因按摩过力导致顾客受伤，他们还应当根据顾客的需求和身体状况，选择合适的按摩手法，以达到最佳的按摩效果。
4、遵循行业规范，保健按摩师应当遵循行业规范，不断提高自己的专业技能和服务水平，为顾客提供优质的按摩服务。
保健按摩师证持有者在非医疗机构从事按摩保健工作是合法的，但在医疗部门工作是不被允许的，从安全性的角度来看，保健按摩师的风险相对较低，但仍需注意遵守卫生规定、了解顾客身体状况、合理掌握按摩力度和方法等方面的问题，以确保为顾客提供安全、舒适的按摩服务。
